avatar avatar 我的文献 豹猫(Felis bengalensis)的遗传多样性及系统发育研究 作者 白素英 单位 东北林业大学 导师 景松岩; 李晓平 关键词 豹猫; 遗传多样性; 系统发育关系; 随机扩增多态DNA; 线粒体DNA; 细胞色素b; 控制区
摘要
本文通过随机扩增多态性DNA(RAPD)技术和线粒体DNA序列分析技术,对豹猫3个亚种6个群体64个个体进行了遗传多样性和系统发育分析。 RAPD分析中,首先检验了不同酶和退火温度对PCR扩增的影响。应用BioStar公司的Taq DNA聚合酶在40个随机引物中筛选出36个有效引物,引物的有效性为90.00%,平均每条引物得到8.67条带;而MBI公司的Taq DNA聚合酶只筛选出11个有效引物,引物的有效性仅为27.50%,平均每个引物只得到4.64条带。退火温度提高1℃,RAPD的扩增产物明显减少(引物P61除外),9个引物扩出的总带数由89条减到65条,但多态带的比率由87.64%增加到93.85%。用筛选出的36个有效引物对6份混合样品扩增,共获得289条DNA谱带,其中231条具有多态性,占79.93%。单个引物获得的标记数在0~6之间。选其中9个引物对6个群体的21个个体进行PCR扩增。共扩增出65条带,其中61条为多态片段,占93.85%。 本研究测定了3个亚种6个群体的16只豹猫的线粒体细胞色素b基因402bp的DNA序列,共发现23个位点存在变异,占总序列的5.72%。其中15次转换,8次颠换。豹猫细胞色素b的序列差异在个体间为0.00%~2.49%,亚种间平均为0.90%~1.34%。不同群体内差异较大,广西群体内高达1.99%;最低的是福建群体,为0.50%。 另测定了2个亚种5个群体的10只豹猫的线粒体DNA控制区的序列,其中,1只测得375bp,9只测得440bp。发现47个位点存在变异,占总序列的10.68%。其中39次转换,8次颠换。豹猫线粒体DNA控制区的序列差异在个体间为0.68%~6.59%,平均为3.14%,北方群体内差异较小,平均为1.71%,南方三个群体内的DNA序列差异平均为2.27%,而豹猫的北方亚种和指名亚种间差异较大在2.73%~6.59%之间,平均为4.01%。 遗传多样性分析显示,核DNA和线粒体DNA数据得出的结论基本一致,豹猫的遗传多样性相当丰富。尤其是指名亚种内遗传多样性水平很高,但华东亚种的福建群体的遗传多样性水平较其它群体要低得多。线粒体DNA控制区的数据还显示,豹猫北方亚种与指名亚种分化明显,因此,应将豹猫的北方亚种与指名亚种作为两个进化显著性单元分别对待。将黑龙江、山西、贵州、广西、云南群体作为不同的管理单元进行分别管理。另外,指名亚种内存在遗传分化。 基于遗传距离,用NJ和UPGMA法构建了豹猫DNA水平的系统树,结合形态特征和地理分布,系统发育分析显示,所研究豹猫的6个群体可分3支,黑龙江-山西群体为独立的一支,对应于北方亚种F.b.euptilura;贵州-广西群体聚在一起,对应于指名亚种F.b.bengalensis;福建群体为另一支,对应于华东亚种F.b.chinensis。该结果基本支持基于形态的传统的亚种划分,只是F.b.euptilura和F.b.bengalensis分化明显,可能已经接近种的分化水平,而且从线粒体DNA控制区的PCR扩增片段的大小上看,原属于指名亚种内的云南群体与华东亚种的福建群体的片段大小相似,都小于贵州和广一 西群体的片段,因而其分类地位有待进一步验证。另据北方亚种和指名亚种细胞色素b 基因以及W控走区的平均0差异分别为1.3硼出和4.of%,推算出两个亚种的分 化时间约在26.8或28.6万年前。 本研究还表明,线粒体DNA控末区是研究豹猫群体遗传结构的良好标记,非损伤 性取样方法是研究野生动物的理想取样方法。
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